1.提交申请
申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写《中国公民出入境证件申请表，准备好需要提交的相关证明材料。
2.数码照相
申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照(亦可在公安局认可的拍照点拍照，需领取照片回执)。
3.采集指纹
申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹(左右手大拇指)，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理。
4.受理申请
工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人(如果申请人希望使用免登记自助通关，应同时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明)。
5.缴纳费用
申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用100元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单。
6.制作证件
受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构。
7.发放证件
申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件;若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可。
港澳通行证流程 扩展
1．申请人本人向县级以上公安机关出入境管理部门提交申请材料并按规定采集指纹信息。
2．受理机构对符合申请条件，申请材料齐全且符合法定形式的，向申请人出具《受理申请回执单》；对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，一次性告知申请人需要补正的全部内容；对不属于本部门职责范围或不符合受理要求的，不予受理，并向申请人说明理由。
3．审批机构进行审核，作出批准或者不予批准的决定，不予批准的，审批机构向申请人出具《不予批准决定书》。
4．申请人领取证件。
