东南大学和华南理工大学都是985重点大学，39所之一。如果一定做比较，你可以参考一下角度：
学校级别，东南大学是副部级高校，华南理工大学未列入副部级；
学科建设宽度方面，东南大学博士点112个，华南理工大学107个；东南大学硕士点238个，华南理工大学193个，也就是说东南大学的学科宽度要略宽一些；
学科建设深度方面，二者都属优势的学科方面，一是建筑学，两所都是建筑老八校，在2012年教育部学科评估中东南大学第二，华南理工大学第五；二是信息通信工程方面，东南大学学科评估地方85分，国内第四，华南理工大学得分77，国内第16；三是机械工程，华南理工大学得分77，东南大学得分76。非交叉优势学科，主要是各自拥有的国家重点学科，华南理工大学的轻工技术、材料科学、化学工程相对东南大学要更突出；而东南大学则拥有电子科技、交通运输工程、生物医学工程、热能工程、控制工程，计算机应用技术、土木工程、艺术学等重点学科。需要指出的是，东南大学上一轮参评22个一级学科，都有不俗表现，其排名国内前三的学科，生医、交通、艺术学理论国内第一，建筑、电子、景观国内第二，土木、规划国内第三。热能、软件、计算机等也排进国内前20。而华南理工的轻工技术国内第一。
此外，院士数量，东南大学13人，华南理工大学7人。
